El municipi de Navata està situat al centre de la depressió de l’Empordà, entre els rius Manol i Fluvià. La riera d’Àlguema el travessa de ponent a llevant, i està envoltat de conreus de secà, plans i extensos.
A la banda nord s’eleva la muntanya, i a l’oest s’albira el pic de la Mare de Déu del Mont, final de moltes excursions, aplecs i activitats esportives de la zona. El terme limita al nord-oest amb Lladó, un poble petit però de gran interès arquitectònic i amb una arrelada tradició formatgera.