La commune de Navata est située au cœur de la dépression de l'Empordà, entre les fleuves Manol et Fluvià. Le torrent d'Àlguema la traverse d'ouest en est. De plus, elle est entourée de terrains non irrigués, de plaines et d'étendues.
Au nord se dresse une montagne et à l'ouest, on aperçoit le pic de la Mare de Déu del Mont, lieu d'arrivée d'un grand nombre de randonnées, de pèlerinages et d'activités sportives de la région. La commune s'étend jusqu'à Lladó, au nord-ouest, un petit village d'un grand intérêt architectural à la tradition fromagère bien ancrée.