El municipio de Navata está situado en el centro de la depresión del Empordà, entre los ríos Manol y Fluvià. La rambla de Àlguema lo atraviesa de ponente a levante, y está rodeado de cultivos de secano, llanos y extensos.
En el lado norte se levanta la montaña, y al oeste se vislumbra el pico de la Mare de Déu del Mont, final de muchas excursiones, "aplecs" y actividades deportivas de la zona. El término limita al noroeste con Lladó, un pueblo pequeño pero de gran interés arquitectónico y con una arraigada tradición quesera.